在間接法和夾心法ELISA試劑盒中，陽性孔呈色深于陰性孔。在競爭法ELISA試劑盒中則相反，陰性孔呈色深于陽性孔。兩類反應的結果判斷方法不同，分述于下。
（1）間接法和夾心法
這類反應的定性結果可以用肉眼判斷。目視標本也無色或近于無色者判為陰性，顯色清晰者為陽性。但在ELISA試劑盒中，正常人血清反應后常可出現呈色的本底，此本底的深淺因試劑的組成和實驗的條件不同而異，因此實驗中必須加測陰性對照。陰性對照的組成應為不含受檢物的正常血清或類似物（見3.6）。在用肉眼判斷結果時，更宜用顯色深于陰性對照作為標本陽性的指標。
目視法簡捷明了，但頗具主觀性。在條件許可下，應該用比色計測定吸光值，這樣可以得到客觀的數據。先讀出標本（sample，S）、陽性對照（P）、和陰性對照（N）的吸光值，然后進行計算。計算方法有多種，大致可分為陽性判定值法和標本與陰性對照比值法兩類。
a．陽性判定值
陽性判定值（cut-off value）一般為陰性對照A值加上一個特定的常數，以此作為判斷結果陽性或陰性的標準。
用此法判斷結果要求，ELISA試劑盒的制備必須標準化，陽性和陰性的對照品應符合一定的規格，須配用精密的儀器，并嚴格按規定操作。陽性判定值公式中的常數是在這特定的系統中通過對大量標本的實驗檢測而得到的。現舉某種檢測HBsAg的試劑盒為例。ELISA試劑盒中的陰性對照品為不含HBsAg的復鈣人血漿，陽性對照品HBsAg的含量標明為P=9±2ng/ml。每次試驗設2個陽性對照和3個陰性對照。測得A值后，先計算陰性對照A值的平均數（NC<SUB>X</SUB>）和陽性對照A值的平均數（PCX），兩個平均數的差（P-N）必須大于一個特定的數值（例0.400），試驗才有效。如其中之一超出此范圍，則棄去，而已另兩個陰性對照重新計算NC<SUB>X</SUB>；如有兩個陰性對照A值超出以上范圍，則該次實驗無效。陽性判定值按下式計算：
陽性判定值=NC<SUB>X</SUB>+0.05
標本A值＞陽性判定值的為陽性，小于陽性判定值的為陰性。應注意的是，式中0.05為該試劑盒的常數，只適合于該特定條件下，ELISA試劑盒而不是對各種試劑均可通用。
根據以上敘述可以看出，在這種方法中陰性對照和陽性對照也起到試驗的質控作用，試劑變質和操作不當均會產生"試驗無效"的后果。
b.標本/陰性對照比值
在實驗條件（包括試劑）較難保證恒定的情況下，這種判斷法較為合適。在得出標本（S）和陰性對照（N）的A值后，計算S/N值。也有寫作P/N的，這里的P不代表陽性（positive），而是病人（patient）的縮寫，不應誤解。為避免混淆，更宜用S/N表示。在早期的間接法ELISA試劑盒中，有些作者定出S/N為陽性標準，現多為各種測定所沿用。實際上每一測定系統應該用實驗求出各自的S/N的閾值。更應注意的是，N所代表的陰性對照是不含受檢物質的人血清。有的試劑盒中所設陰性對照為不含蛋白質或蛋白質含量較底的緩沖液，以致反應后產生的本底可能較正常人血清的本底低得多。因此，這類試劑盒規，如N<0.05（或其他數值），則按0.05計算，否則將出現假陽性結果。
（2）競爭法
在競爭法ELISA試劑盒中，陰性孔呈色深于陽性孔。陰性呈色的強度取決于反應中酶結合物
的濃度和加入競爭抑制物的量，一般調節陰性對照的吸光度在1.0-1.5之間，此時反應zui為
敏感。
競爭法ELISA試劑盒不易用自視判斷結果，因肉眼很難辨別弱陽性反應與陰性對照的顯色差
異，一般均用比色計測定，讀出S、P和N的吸光值。計算方法主要也有兩種，即陽性判定值法和抑制率法。
