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上海士鋒生物科技有限公司
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PCR-RFLP分析技術

時間:2016/5/23閱讀:1700
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聚合酶鏈式反應(PCR)是模擬體內DNA復制條件在體外酶促合成特異DNA片段的循環反應,可使目的DNA片段得以迅速擴增。其主要步驟是:將待擴增的模板DNA置于高溫(約93℃-95℃)下使之變性解鏈;人工合成的兩個寡核苷酸引物在低溫(約50℃-70℃)下分別與目的DNA片段兩側的互補序列復性結合;引物在DNA聚合酶作用(約70℃-75℃)下沿模板按5’→3’方向延伸,合成目的DNA片段的新互補鏈。如此經過n個周期,理論上擴增2n倍,一般PCR經30-40周期后可獲得百萬倍以上的目的DNA。
聚合酶鏈式反應—限制性片段長度多態(PCR—RFLP)分析技術是在PCR技術基礎上發展起來的。DNA堿基置換正好發生在某種限制性內切酶識別位點上,使酶切位點增加或者消失,利用這一酶切性質的改變,PCR特異擴增包含堿基置換的這段DNA,經某一限制酶切割,再利用瓊脂糖凝膠電泳分離酶切產物,與正常比較來確定是否變異。應用PCR—RFLP,可檢測某一致病基因已知的點突變,進行直接基因診斷,也可以此為遺傳標記進行連鎖分析進行間接基因診斷。
本實驗以家族性甲型血友病患者及其相關成員外周血DNA為模板,PCR擴增凝血因子FⅧ基因的583bp特異片段產物,其中包含MspⅠRFLP多態位點,經MspⅠ酶切后,瓊脂糖凝膠電泳檢測等位片段的長度(583bp或360bp+223bp),以此為遺傳標記進行連鎖分析,判斷胎兒是否得到了帶有缺陷FⅧ基因的染色體,從而做出間接基因診斷。

【實驗用品】
1.DNA(50ng/μl)、引物Ⅰ和Ⅱ(20μΜ)、Taqdna聚合酶(5U/μl)10×PCR反應緩沖液、dNTP(2.5mM)、滅菌蒸餾水、液體石蠟、限制性內切酶MspⅠ(20U/μl)、10×酶切緩沖液。
2.2%的瓊脂糖凝膠、5×TAE、6×上樣緩沖液、DNA Marker、溴化乙啶貯存液(10mg/ml)(EB)。
3.PCR自動熱循環儀、紫外透射儀、微量加樣器(20μl、200μl)、槍頭(20μl、200μl)及離心管(1ml、0.5ml)、容器盒、恒溫水浴箱、瓊脂糖凝膠電泳裝置、燒杯、保鮮膜、封口膜、浮漂、微波爐、250ml三角燒瓶、透明膠帶、托盤天平、臺式高速離心機。

【實驗步驟】
一.PCR反應
PCR反應體系20μl,其成分如下:
PCR-RFLP分析技術
按以上次序,將各物質加入到一只無菌的0.5ml離心管中。輕輕混勻后,離心5秒鐘,加入一滴液體石蠟蓋于反應混合液的表面,然后放入PCR儀中進行循環反應。

PCR 反應循環溫度:
94℃預變性3分鐘,然后進行以下循環30次
PCR-RFLP分析技術
zui后經72℃再充分延伸7分鐘。
反應結束后置4℃冰箱保存。

二.PCR產物的MspⅠ酶切
反應體系20μl其成分如下:
PCR-RFLP分析技術
置37℃水浴消化1小時,4℃保存。

三. 瓊脂糖凝膠電泳檢測
1.膠板的準備
取有機玻璃內槽,洗凈晾干。取透明膠帶將有機玻璃內槽的兩端邊緣封好(注意,將透明膠帶緊貼于有機玻璃內槽的兩端邊上,不要留空隙)。將有機玻璃內槽置于一水平位置,在距離底板0.5~1.0ml的位置放入梳子。
2.2%的瓊脂糖凝膠的制備
稱取1克瓊脂糖,置于錐形瓶內,加入50ml 1×TAE,瓶口用保鮮膜封蓋,在微波爐中加熱直至瓊脂糖全部溶解,得到2%瓊脂糖凝膠液,待其冷卻至65℃左右,加入2.5μl溴化乙啶貯存液(10mg/ml),使溴化乙啶終濃度為0.5μg/ml。小心混勻并倒在有機玻璃內槽中,控制灌膠速度,使膠液緩慢展開,避免產生氣泡,直到在整個有機玻璃板表面形成均勻的膠層。室溫下靜置1小時左右,待膠凝固*后,輕輕拔出梳子,在膠板上即形成相互隔開的樣品槽。
3.將凝膠放入電泳槽中,加入恰好沒過膠面1mm深的足夠電泳緩沖液,預電泳10min。
4.每份限制酶切產物取10μl,加2μl 6×上樣緩沖液,混勻后加入到樣品孔中,以100V 電泳50分鐘。
5.斷電后取出凝膠,放在紫外透射儀中觀察并記錄PCR—RFLP結果。

【實驗結果與分析】
根據甲型血友病患者及其相關成員的親屬關系繪制遺傳系譜圖,觀察并記錄瓊脂糖凝膠電泳分離的DNA片段長度,繪制出家系各成員FⅧ基因MspⅠ RFLP等位片段與系譜相關圖,進行連鎖分析,判斷胎兒是否是甲型血友病患兒。

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