閉合環(huán)狀質(zhì)粒、線性質(zhì)粒和開環(huán)質(zhì)粒dna由于構(gòu)形不同，在加溴化乙錠的瓊脂糖凝膠電泳上呈現(xiàn)不同的遷移率，因而在紫外燈下觀察，能區(qū)別閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA（cccDNA）、線性質(zhì)粒DNA（L-DNA）和開環(huán)質(zhì)粒DNA（ocDNA）。
水平式瓊脂糖凝膠電泳法檢測(cè)DNA實(shí)驗(yàn)材料和試劑 
（一）實(shí)驗(yàn)樣品 
質(zhì)粒pUC118 
（二）試劑 
1．l DNA/HindIII分子量標(biāo)準(zhǔn) 
2．溴酚藍(lán)指示劑點(diǎn)樣緩沖液 
0.2% 溴酚藍(lán) 
50% 蔗糖 
3．1mg/ml溴化乙錠溶液 
4．電泳緩沖液（TAE） 
40 mmol/L Tris-乙酸 
1 mol/L EDTA 
(配制方法：24.2克Tris堿，5.71ml冰乙酸，10ml 0.5mol/L EDTA(pH8.0)，定容至5000ml） 
5．0.7% 瓊脂糖凝膠 
（配制方法：稱取瓊脂糖0.35克，加入50ml TAE電泳緩沖液） 
（三）儀器 
微量移液器 電泳儀 
水平電泳槽 透射紫外觀察儀 

實(shí)驗(yàn)步驟 
1．選擇合適的水平式電泳槽，調(diào)節(jié)電泳槽平面至水平。檢查穩(wěn)壓電源與正負(fù)極的線路。 
2．選擇孔徑大小合適的點(diǎn)樣梳子，垂直架在電泳膠模的一端，使點(diǎn)樣梳子底部離電泳膠模底部的距離為1.0mm。 
3．制備0.7%瓊脂糖凝膠，100℃水浴加熱至瓊脂糖融化均勻。 
4．用吸管取少量瓊脂糖凝膠溶液將電泳膠模四周密封好，防止?jié)补喹傊悄z板時(shí)發(fā)生滲透。待瓊脂糖凝膠冷卻至60℃左右時(shí)，加入一滴溴化乙錠，搖勻，輕輕倒入電泳膠模中，瓊脂糖凝膠的厚度在3～5mm。倒膠時(shí)要避免產(chǎn)生氣泡，若有氣泡可用吸管小心吸去。 
5．瓊脂糖凝膠凝固后，在室溫放置20分鐘，小心拔掉點(diǎn)樣梳子和電泳膠模兩端的擋板，保持點(diǎn)樣孔的完好。 
6．將電泳膠模放入電泳槽中，加入電泳緩沖液，使電泳緩沖液面高出瓊脂糖凝膠表面1～2mm。如點(diǎn)樣孔內(nèi)有氣泡，用吸管小心吸出，以免影響加樣。 
7．將15ml DNA樣品與1/5體積的溴酚藍(lán)指示劑點(diǎn)樣緩沖液混合。上樣緩沖液不僅可以提高樣品的密度，使樣品均勻沉到樣品孔內(nèi)，還可以使樣品帶顏色，便于上樣和估計(jì)電泳時(shí)間和判斷電泳的位置。 
8．用微量移液器將樣品小心加入加樣孔內(nèi)，記錄樣品點(diǎn)樣秩序。 
9．蓋上電泳槽，開啟電源開關(guān)，zui高電壓不超過(guò)5V/cm（100～150V恒壓電泳），使DNA從負(fù)極向正極移動(dòng)。 
10．電泳時(shí)間隨實(shí)驗(yàn)的具體要求而異。電泳一般需1～3小時(shí)。電泳完畢后關(guān)閉電源，戴一次性塑料手套取出凝膠，盡可能將所有的電泳緩沖液淋干，在254nm波長(zhǎng)的透射紫外燈下觀察。 

【提示】 
（一）瓊脂糖凝膠電泳 
1．瓊脂糖凝膠的性質(zhì) 
瓊脂糖是從海藻中提取的一種直鏈多糖，它由D-半乳糖和3,6-脫水-L-半乳糖的殘基交替排列組成的線型多聚糖。當(dāng)瓊脂糖加熱至90～100℃左右，即可形成清亮透明的液體。澆在模板上冷卻至40～45℃時(shí)，凝固形成凝膠。瓊脂糖帶有親水性，不含有帶電荷的基團(tuán)，不引起DNA變性，又不吸附被分離的物質(zhì)，因此它是一種很好的凝膠劑。瓊脂糖凝膠可區(qū)分相差100bp的DNA段。 
2．DNA分子的遷移率 
DNA分子在電泳中的遷移率的因素是多方面的，除了決定于DNA分子大小與構(gòu)型外，還有瓊脂糖凝膠的濃度、電壓大小、緩沖液pH值和電泳時(shí)的溫度等。 
（二）實(shí)驗(yàn)操作中注意的問(wèn)題 
1．加熱溶解瓊脂糖時(shí)應(yīng)不斷地?fù)u動(dòng)容器，使附于壁上的顆粒也*溶解。 
2．溴化乙錠是一種強(qiáng)致癌劑，并有中度毒性，因此必須十分謹(jǐn)慎小心。操作時(shí)一定要戴手套，用過(guò)的手套要及時(shí)將手套順手翻過(guò)來(lái)，讓污染有溴化乙錠的面朝里。 
3．用254nm波長(zhǎng)的紫外光進(jìn)行觀察的效果比366nm清晰，但產(chǎn)生的切口DNA量也較高。紫外光對(duì)眼睛有害，觀察時(shí)應(yīng)戴上眼鏡或防護(hù)面罩。