1 northern雜交

northern雜交是檢測mirna表達的一種簡便而可靠方法，不僅用于檢測mirna在組織細胞中的表達水平，而且結合rna marker，可經凝膠電泳檢測mirna的分子大小。

1993年始，northern雜交應用于miRNA表達譜研究，也是*用于半定量檢測mirna的實驗技術，通過將已知濃度梯度的寡核苷酸參照物與待測樣品進行平行雜交，實現對mirna的半定量檢測。而后，northern雜交成為檢測細胞中mirna表達的常規研究方法之一。 northern雜交zui大的缺點是對樣品的需求量較高，需要微克級樣品才能避免假陰性，有時樣品量達到40 μg才會出現明顯雜交信號。

2 原位雜交

原位雜交分為細胞和組織內原位雜交，該技術檢測mirna表達，可更直觀的展示出mirna的時空表達模式。80年代后期可在福爾馬林固定、石蠟包埋的組織中進行原位雜交，近年來擴展到細胞及亞細胞水平進行mirna的檢測。該技術不僅可以檢測不同細胞系單個細胞中的mirna表達，還可在不經分類和分離的情況下，比較不同細胞系中mirna的表達水平。

3 基因芯片

基因芯片技術可以高通量的檢測基因表達譜。zui初的mirna基因芯片，是將反義dna探針點在尼龍膜上，然后以5′端放射性標記的mirna樣品雜交，再經放射自顯影獲得信號。

盡管基因芯片技術敏感度有了很大提高，且可用于多個mirna同時檢測，但仍有不足：基因芯片的制作和檢測需要昂貴的儀器設備;結果是半定量的，重復性較差;不能同時優化所有待測mirna的雜交環境，因而不能區分高度類似的mirna，等等。鎖定的核苷酸修飾探針(locked nucleic acidmodified probe)在基因芯片技術的應用，可能會進一步較地區分高同源性mirna的表達差異。

4 反轉錄聚合酶鏈反應(reverse transcriptionpolymerase chain reaction，rtpcr)

4.1 半定量rtpcr

rtpcr作為半定量或定量檢測mirna表達的常用實驗方法，在研究mirna表達的過程中不斷得到改進。半定量rtpcr是常用的一種簡潔、快速、特異的相對定量的rna檢測技術，只能測定mirna的相對含量，后來有研究對半定量rtpcr加以改進:(1)rna加尾rtpcr：rna加尾rtpcr是在傳統rtpcr的基礎上發展而來，可用于半定量或定量檢測mirna的表達,結果與northern雜交一致。該技術有以下優點：可在較短時間內獲得結果;高通量，可同時檢測多種mirna的表達;與northern雜交相比，僅需少量rna，且不用放射性同位素標記;可同時檢測到成熟mirna及其對應的premirna;操作過程簡單。該技術檢測mirna表達時需注意以下問題：有的mirna和其他mirna具有同源區域，它們的引物序列就是mirna基因序列5′端的一部分，因而要確保引物3′端的不同;退火溫度是保證高度特異擴增的關鍵因素，有研究提出，較高的退火溫度(60 ℃～61 ℃)可提高反應的特異性;與用總rna相比，使用從低分子量rna中富集的mirna可提高該技術的敏感性。(2)引物延伸rtpcr：引物延伸rtpcr既可檢測成熟的mirna，也可檢測單個mirna和sirna。后經改進把引物延伸用于實時rtpcr 定量檢測mirna的表達，包括以下步驟：用加尾的特異引物把mirna反轉錄為cdna，在cdna的一端引入1個結合位點延長長度;實時定量pcr檢測。

4.2 實時定量rtpcr

實時定量rtpcr可用于檢測mirna在腫瘤中的表達水平。

steploop實時定量rtpcr是一項高特異度、敏感度的檢測mirna表達的實驗技術，包括設計具有莖環(stemloop)結構的反轉錄引物和用mirna熒光標記的特異分子探針進行實時pcr 2個關鍵步驟。該技術有以下優點：高度特異性，特異的steploop 反轉錄引物和探針確保反應不受其前體及基因組dna污染等因素的干擾，對序列高度同源的mirna也可區分;超寬的定量線性范圍和高度的檢測靈敏度，從幾個拷貝到幾萬個拷貝，定量線性范圍跨越7個數量級;樣品消耗少，僅需1～10 ng的總rna;適用范圍廣，總rna 、細胞裂解物以及純化的rna都可用于mirna的定量檢測，也可用于其他小分子rna的檢測，如sirna。但是該技術需要較昂貴的實驗材料及儀器。