PCR參照物有內參和外參兩種。在實驗過程中，往往很容易混淆這兩種參照物，把內參當成外參，而把外參當成是內參。那么，下面就用一個例子來說明什么是PCR外參?什么是PCR內參?他們的作用又分別是什么?
做Real-TimePCR，以GAPDH為參照標準，GAPDH和目的基因反應體系是在兩個EP管中進行，結果以GAPDH/目的基因為相對表達量，請問我這是內參還是外參?
1.Real-timePCR技術的原理就是用一種標準對照能夠估計出一種特異性靶DNA或RNA分子的相對含量。
2.這種標準對照就是參照物，在定量pcr中，用它來作為擴增系統的陽性對照，并作為未知樣品定量的標準，同時通過競爭性作用校正擴增系統內管間的擴增效率，使其具有可比性。參照物按其性質不同可分為內參照和外參照。內參照是與目的基因加于同一反應管中，與目的基因同時進行擴增，以反映體系中可能出現的PCR影響因素，此即所謂的競爭性PCR;而外參照則是參照物與目的基因的擴增分別在不同的管間進行，此即所謂的非競爭性PCR。
弄清楚了以上的概念，我們就可以明確的確定在上述實例中所提到的GAPDH實際上是該實驗的外參，因為它和目的基因是在不同的EP管中進行反應的。
