醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。
工藝選擇原則為：
傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
處 理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
醫院污水---格柵---調節池(預曝氣)---一級氧化池----二級氧化池----沉淀池(污泥池)----消毒池-----風機房----達標排放
各部分功能簡介：
格柵功能：
格柵是攔截大顆粒的懸浮物質和切碎凝聚的軟體物質(紙屑、破布或食物殘渣等)，防止水泵或管道阻塞的重要設備，在污水處理系統或水泵前宜設置格柵，格柵井與調節池采用合建的方式。
調節池的功能：
調節池的功能是調解處理水量和水質的不均勻性。且污水*高污染濃度往往在耗水量*高時段出現。調節池可大大降低處理設備的容量和電耗。調節池進行預曝氣，曝氣量不宜小于 0.6、m3/(m3·h),對池內水體攪動、充氧，防止懸浮雜質沉淀，改善水質。
一級氧化池和二級氧化池的功能：
生化處理是利用微生物的生命活動過程將污水中的有機物轉化為簡單的無機物形式。在污水的氧化生物處理中，要不斷向混合液進行曝氣，供給微生物所必需的氧，并對混合液起攪拌、混合作用，使活性污泥處于懸浮狀態，防止沉降，并使氧和混合液充分接觸，促進有機物的降解。填料為組合式填料，易結膜、不堵塞、采用膜片式微孔曝氣器、
沉淀池(污泥池)的功能：
沉淀池是使污水中的懸浮物、固體殘渣沉淀并使沉淀物清除出去的主要設施，醫院污水處理應用自然沉淀法。沉淀池應為豎流式。沉淀池里的污泥用空氣提至污泥池進行好氧消化。污泥池的上清液(含活性污泥)加流至氧化池進行氧化處理。剩余污泥要定期清理外運。
消du池的功能：
消du池是醫院污水處理設備中的主要構筑物之一。我們采用紫外線或次氯酸鈉消du。
